弊事務所では個人診療所、医療法人のお客様とお付き合いがあります。
個人診療所や医療法人の税金の体系は、基本的には普通の事業と変わり有りませんが、いくつかの点で特徴があります。また医療法人の場合は決算に関連して必要な手続きがあります。
■特徴的な点
その１ 概算経費率の利用
社会保険診療が年間5000万円以下で有れば、概算経費率を使って申告することができます。これは個人診療所でも医療法人でも同じ扱いです。
概算経費率とは、実際の経費がどれだけであっても社会保険診療に対してＸ％の経費がかかっているとみなして所得を計算できるものです。概算経費率は次のように段階的になっています。
| 社会保険診療（あ） | 概算経費率 | 概算経費額 |
|---|---|---|
| 2500万円以下の金額 | 72% | （あ）×72% |
| 2500万円超 3000万円以下の金額 | 70% | （あ）×70%＋50万円 |
| 3000万円超 4000万円以下の金額 | 62% | （あ）×62%＋290万円 |
| 4000万円超 5000万円以下 | 57% | （あ）×57%＋490万円 |
誤解しやすいのですが、診療報酬の金額が例えば4000万円を越えるかどうか微妙なときに、超えてしまうと概算経費率が70％から62％へさがってしまい損になるので休診しようか、といった話をたまに聞きます。
段階的に経費率が変わるので診療報酬が増加したからといって診療報酬全額に対する経費率が変わるのではなく、その超えた部分だけが変わるのです。これは所得税の累進税率と同じ考え方です。
概算経費率は実際の経費率と比べて、その年度ごとに有利となる方を選択できます。
なお個人診療所の場合、青色申告特別控除は社会保険診療報酬に係る所得からは控除できませんので注意が必要です。
その２ 事業税における取扱
事業税について、社会保険診療報酬は計算から除外されます。これは個人診療所も医療法人も同じ扱いです。
具体的には所得を保険診療分と自由診療分に分けて、自由診療にかかる所得だけに事業税が課税されます。個人診療所の場合さらに290万円の控除を取って税率5%で計算します。
その３ 消費税における取扱
消費税について、ご存じのように社会保険診療は非課税となっています。自由診療報酬が1000万円を超えない限り消費税の納税義務はありません。
■医療法人に必要な決算に関する手続き
決算届出が必要
医療法人は決算日後３ヶ月以内に事業報告書、財産目録、貸借対照表、損益計算書などと監事の監査報告書を都道府県知事に届出無ければなりません。
総資産の登記が必要
医療法人が登記しなければならない項目の一つに「資産の総額」があり、これは毎年変更が必要となります。
